Блок институциональных механизмов, связанных с оценкой качества, был наиболее востребованным и оказался наиболее проблемным. Единый государственный экзамен сыграл существенную роль в демократизации российского образования, восстановлении социальных лифтов (после введения ЕГЭ в столичных вузах существенно вырос процент поступающих из регионов России), позволил исключить субъективность при выставлении итоговых оценок в школе и сократить объем коррупции при поступлении в вуз. Однако не решены в полной мере проблемы независимости процедуры проведения экзамена, качества отдельных контрольно-измерительных материалов.
Серьезные искажения в практику реализации ЕГЭ внесло использование его результатов в качестве главного и единственного критерия для оценки работы учителей, школ, муниципалитетов и регионов. На примере ЕГЭ явно видна опасность некомплексного решения институциональных проблем. ЕГЭ с самого начала рассматривался лишь как часть единой национальной системы оценки качества образования, включающей национальные экзамены, мониторинговые обследования и оценку на уровне школы. Однако эта система до сих пор не создана.